У консольного режима много плюсов. Например, чтобы booster lite работал нужно запускать сервер со значением -noipx Также можно в bat файле сразу выставить нужные настройки, у hlds.exe таких возможностей нет. Консольный режим лучше и удобен. Но можно использовать вместо hlds.exe hlds_console, от консольного режима по возможностям ничем почти не отличается.